黨政辦公室、機關黨委(合署辦公)
黨委組織部（黨校）、黨委統戰部（合署辦公）
黨委宣傳部、新聞中心(合署辦公)
黨委教師工作部、人力資源部（合署辦公）
黨委學生工作部、學生工作處、黨委人民武裝部(合署辦公)
黨委巡察工作辦公室
紀委辦公室、監察處（合署辦公）
發展和改革辦公室、發展規劃處（合署辦公）
研究生院（校學位委員會辦公室）
招生就業處
教務處
科研部
科技成果轉移轉化辦公室
國際合作與交流部(含港澳臺辦公室)、國際學院(合署辦公)
對外聯絡與基金事務處(含教育基金會秘書處,校友總會秘書處)
離退休干部工作處
財務處
資產與后勤保障處
基本建設處
保衛與校園管理處
團委
工會
保密辦公室
圖書館
網絡信息中心
檔案館（校史館）
博物館
出版社
校醫院
中科大資產經營有限責任公司
附屬中學
飲食服務集團
幼兒園
